非適格組織再編とは、税法で定める一定の要件を満たしていない会社分割・合併・現物出資・事後設立のことである。税務上、資産等を時価で移転したものとして計上されるため、譲渡損益が発生する。
非適格組織再編に対して、税務上の適格要件を満たしているものを適格組織再編と呼ぶ。
適格組織再編にメリットが生じるのは含み益がある場合で、受け継ぐ資産に含み損がある場合はこの限りではない。そのため、そのままでは適格組織再編になるにも関わらず、あえて工夫して非適格組織再編とする企業も存在する。