グループ通算制度とは、完全支配関係にある企業グループ内の各法人を納税単位として、各法人が個別で法人税額を算出及び申告しながら、グループ企業内で損益通算の調整ができる制度を指す。
グループ通算制度の開始・加入時の時価評価課税及び欠損金の持込み等について組織再編税制と整合性の取れた制度となっている。
2020年3月に公布された所得税法等の一部を改正する法律（令和２年法律第８号）において連結納税制度を見直し、グループ通算制度へ移行することとなった。